正式名はアスペルギルス・オリゼー。和名は「ニホンコウジカビ」ででんぷんを糖に分解する力を持つ。日本酒、味噌、醬油などの醸造に必須の日本の「国菌」。『もやしもん』の主人公、沢木の肩にいつもちょこんと乗っていて、口癖は「かもすぞー」。
B.ビフィダス

いわゆる善玉菌とされているビフィズス菌の一種。森永乳業が発見したビフィズス菌BB536が配合された“生きて腸まで届く”というコピーのヨーグルトとのコラボでも知られる。多くのビフィズス菌が苦手とする酸や酸素に強いという特性を持つ。
A.アセチ

アルコールを代謝し、酸素を取り込みながら発酵させることで酢酸を作り出す酢酸菌の一種。正式名はアセトバクター・アセチ。米酢、ワインビネガー、バルサミコ酢などの製造に関わっている。ロマネ・コンティもこの菌にかかれば、ただのお酢に。
L.プランタルム

ラクトバチルス・プランタルム。植物由来の発酵食品、キムチやザワークラウトなどに多く含まれている乳酸菌の一種。胃酸に強いため、腸まで届く可能性が高い。腸の免疫力を強化したり、腸内細菌のバランスを整える作用が期待できる。
P.ハロフィルス

ペディオコッカス・ハロフィルス。別名・醬油乳酸菌。食塩濃度が高い環境でも活動できるという特性を持ち、醬油や味噌を造る過程ではもろみ(大豆や小麦由来の麴の発酵物)の中で乳酸を作り出す。醬油や味噌の深い味わいを醸し出す立役者。
L.ヨグルティ

正式名はラクトバチルス・ヘルべティカス。日本で作られるヨーグルトに含まれる乳酸菌。摂取すると免疫システムに働きかけて、目や鼻の不快感、くしゃみや鼻水などを軽減すると報告されている。『もやしもん』の中での口癖は「ござる」。
L.ブルガリクス

ラクトバチルス・デルブリッキィの亜種、ブルガリクス菌。ブルガリア地方のヨーグルトから検出される代表的なヨーグルト菌のひとつ。乳糖を好む乳酸菌で、その他の糖はほとんど利用できない。ヨーグルトの健康長寿効果を定着させた功労者。
L.アシドフィルス

正式名をラクトバチルス・アシドフィルスという乳酸桿菌。ヒトの腸管や口の中、膣内に存在すると考えられている。外部から侵入してきた病原菌などに対してカラダを守る作用があるという説もあり。ヨーグルトや発酵乳の製造に使われることも。
L.ラクチス

正式名はラクトコッカス・ラクチス。乳酸菌の一種で牛乳に含まれる乳糖を分解し、乳酸を作り出してタンパク質を固めるサポートをする。チーズや発酵食品の製造に広く使われていて、他の雑菌をやっつけるほか、風味や酸味の決め手となる。
C.ブチリカム

酪酸菌の一種で正式名はクロストリジウム・ブチリカム。自然界やヒト、動物の腸管に広く分布している常在菌。大腸を動かすエネルギーとなる酪酸を作り出す善玉菌で、腸内環境の改善、腸の粘膜の保護、免疫力の強化などをサポートしてくれる。
E.フェリカス

エンテロコッカス・フェカリス。ヒトや動物の腸内に棲んでいる乳酸球菌。免疫力を高めたり腸内環境を整える作用が注目され、近年とくに花粉症対策のサプリメントや飲料などに配合されるようになった。菌体が小さく大量に摂取できることも特徴。